Configurando as aplicações externas¶

SAGA¶

Algoritmos SAGA pode ser executado a partir de | qg | se você tiver SAGA instalado em seu sistema e configurar a estrutura de processamento adequada para que ele possa encontrar seus executáveis ​​. Em particular, o executável de linha de comando SAGA é necessário para executar seus algoritmos.

Caso esteja utilizando o sistema Windows, os instaladores stand-alone ou o instalador OSGeo4W, ambos instalam o SAGA juntamente com o QGIS, e o caminho é automaticamente configurado, portanto não é necessário fazer mais nada.

Se você instalou o SAGA (lembre-se, você precisará da versão 2.1), o caminho para o executável SAGA deve ser configurado. Para fazer isso, abra a janela de configuração. No: guilabel: ``SAGA` block, você vai encontrar um ambiente com o nome: guilabel: SAGA Folder.. Digite o caminho para a pasta onde está instalado SAGA. Feche a janela de configuração, e agora você está pronto para executar algoritmos de SAGA a partir do QGIS.

Se estiver utilizado o linux, os binários SAGA não estão incluídos no SEXTANTE, portanto precisa baixar e instalar o software. Por favor verifique o sítio na internet do SAGA para maisinformações. É necessário o SAGA 2.1.

Neste caso não necessita de configurar o caminho para o executável SAGA, e não irá ver aquelas pastas. Em vez disso, deve garantir que o SAGA está instalado corretamente e a sua pasta adicionada à variável de ambiente PATH. Apenas abra o console e digite saga_cmd para verificar se o sistema encontra onde os binários SAGA estão localizados.

R. Creating R scripts¶

A integração da linguagem R com o QGIS é diferente do SAGA em que não há um conjunto de algoritmos predefinido que pode rodar (com exceção de alguns exemplos). Em vez disso, você deve escrever seus scripts e chamar os comandos R, e de uma forma muito semelhante ao que vimos no capítulo dedicado ao processamento de scripts. Este capítulo mostra a sintaxe para usar e para chamar os comandos de R no SEXTANTE além de como usar objetos SEXTANTE (camadas, tabelas) nestes scripts.

A primeira coisa que você tem que fazer, como vimos no caso da SAGA, é dizer ao QGIS onde seus binários R estão localizados. Você pode fazer isso usando o:guilabel:R folder entrando na janela de configuração de processamento. Depois de definir esse parâmetro, você pode começar a criar e executar seus próprios scripts R.

Uma vez mais, isto é diferente no Linux, e só tem de ter certeza que a pasta do R está incluída na variável de ambiente PATH. Se conseguir iniciar o R, apenas introduza R na consola, e estará pronto a começar.

Para adicionar um novo algoritmo que usa uma função R (ou um script R mais complexo que você desenvolveu e que você gostaria de ter disponível a partir do QGIS), você tem que criar um arquivo de script que informa a estrutura de processamento e como proceder com essa operação e inserir os comandos correspondentes em R.

Os arquivos de script R têm a extensão .rsx e é fácil criá-los se tiver o conhecimento básico da sintaxe do R e do código R. Eles devem ficar armazenados na pasta scripts R. Pode definir esta pasta no grupo de configurações R (disponível a partir do diálogo de configurações do processamento), como faz com a pasta para scripts normais do processamento.

Vamos dar uma olhada em um arquivo muito simples de script, que chama o método R spsample para criar uma rede aleatória dentro do limite dos polígonos em uma dada camada de polígono. Este método pertencem ao pacote maptools`. Uma vez que quase todos os algoritmos que você gostaria de incorporar ao |qg| vai usar ou gerar dados espaciais, conhecimento de pacotes espaciais como ``maptools e, especialmente, sp, é obrigatório.

##polyg=vector
##numpoints=number 10
##output=output vector
##sp=group
pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")
output=SpatialPointsDataFrame(pts, as.data.frame(pts))

As primeiras linhas, que começam com um comentário sinal duplo Python (##), dizem entradas do algoritmo QGIS descrito no arquivo e as saídas que irá gerar. Eles trabalham com exatamente a mesma sintaxe que os scripts de Sextante que já vimos, para que eles não sejam descritos aqui novamente.

Quando você declara um parâmetro de entrada, o QGIS usa essa informação para duas coisas: criar a interface do usuário para pedi-lo o valor desse parâmetro e criando uma variável de R correspondente, que pode mais tarde ser usado como entrada para os comandos R.

No exemplo acima, estamos declarando uma entrada do tipo vetorial chamado polyg. Ao executar o algoritmo, o QGIS vai abrir em R a camada selecionada pelo usuário e armazená-lá em uma variável também chamado polyg. Assim, o nome de um parâmetro também é o nome da variável que pode usar em R para concordar com o valor daquele parâmetro (portanto, você deve evitar o uso de palavras reservadas ao R como nomes de parâmetro).

Elementos espaciais como camadas vetoriais e raster são lidos usando os comandos readOGR () `` e ``brick() (você não tem que se preocupar com a adição desses comandos para o seu arquivo de descrição pois o QGIS fará) , e eles são armazenados como objetos Spatial*DataFrame . Campos da tabela são armazenados como strings contendo o nome do campo selecionado.

Tabelas são abertas usando o comando read.csv(). Se uma tabela inserida pelo usuário não está no formato CSV, será convertida antes de importá-la para R.

Adicionalmente, os arquivos raster pode ser lidos usando o comando readGDAL() em vez de brick(), usando o ##usereadgdal.

Se você é um usuário avançado e não quer o | qg | para criar o objeto que representa a camada, você pode usar o `` # # passfilename `` tag para indicar que você prefere um texto com o nome do arquivo em seu lugar. Neste caso, cabe a você abrir o arquivo antes de realizar qualquer operação com os dados que ele contém.

Com a informação em cima, podemos agora perceber a primeira linha do nosso primeiro script exemplo (a primeira linha que não começa com o comentário Python).

pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")

A variável polygon já contém o objecto SpatialPolygonsDataFrame, portanto pode ser usado para chamar o método spsample, tal como o numpoints, que indica o número de pontos a ser adicionados ao grid de amostra criada.

Desde que declarado uma saída do tipo vetor chamado out, temos que criar uma variável chamada out e armazenar um ` Spatial*DataFrame objeto nele (neste caso, um SpatialPointsDataFrame). Você pode usar qualquer nome para as variáveis ​​intermediárias. Apenas certifique-se de que a variável que armazena o resultado final tem o mesmo nome que você usou para declará-la, e que contém um valor adequado.

Neste caso, o resultado obtido a partir do método `spsample tem que ser convertido diretamente no SpatialPointsDataFrame" objeto, uma vez que é por si só um objeto de classe ``ppp, o que não é uma classe adequada para ser devolvida ao | qg |.

Se o seu algoritmo gera camadas raster, a maneira como eles são salvos vai depender se você tem usado ou não usou a opção `` #dontuserasterpackag . O que você tem usado, as camadas são salvas usando o método `` writeGDAL () ``. Se não, o `` writeRaster () `` método do pacote de  ``raster será usado.

Se usou a opção #passfilename, os arquivos de saída são gerados usando o pacote raster (com writeRaster()), mesmo que não seja usado nos arquivos de entrada.

Se o seu algoritmo não gera qualquer camada, mas sim um resultado de texto no console em vez disso, você tem que indicar que deseja que o console seja exibido uma vez que a execução seja concluída. Para isso, basta começar as linhas de comando que produzem os resultados que você deseja imprimir com a > (‘greater’) sign. A saída de todas as outras linhas não serão mostradas. Por exemplo, aqui está o arquivo de descrição de um algoritmo que realiza um teste de normalidade em um determinado campo (coluna) dos atributos de uma camada vetorial:

##layer=vector
##field=field layer
##nortest=group
library(nortest)
>lillie.test(layer[[field]])

A saída da última linha é impressa, mas a saída da primeira não é (e nem são as saídas de outras linhas de comando adicionadas automaticamente pelo QGIS).

Se o seu algoritmo criar qualquer tipo de gráficos (usando o método ``plot()), adicione a seguinte linha:

##showplots

Isto fará com que o QGIS redirecione todas as saídas gráficas R para um ficheiro temporário, que poderá ser mais tarde aberta quando a execução do R é finalizada.

Tanto os gráficos como os resultados do console serão exibidos no gestor de resultados do processamento.

Para mais informações, consulte os arquivos de script fornecidos com o SEXTANTE. A maioria deles são bastante simples e vai lhe ajudar muito a entender como criar as seus próprios scripts.

GRASS¶

Configurar o GRASS não é muito diferente de configurar o SAGA. Primeiro, o caminho para a pasta GRASS tem de ser definida, mas apenas se estiver a correr o Windows. Adicionalmente, um interpretador shell, (normalmente o msys.exe, que pode ser encontrado na maioria das distribuições do GRASS para o Windows) tem de ser definido e o seu caminho configurado.

Por padrão, a estrutura de processamento tenta configurar seu conector GRASS para usar a distribuição que conecta junto com o | qg |. Isso deve funcionar sem problemas na maioria dos sistemas, mas se você tiver problemas, você pode ter que configurar o conector GRASS manualmente. Além disso, se você quiser usar uma instalação GRASS diferente, você pode alterar essa configuração e aponte para a pasta onde a outra versão está instalada. GRASS 6.4 é necessário para os algoritmos funcionarem corretamente.

Se está a trabalhar em Linux, só necessita de ter a certeza que o GRASS está corretamente instalado, e pode ser executado sem problema a partir do console.

Algoritmos GRASS usar uma região para os cálculos. Esta região pode ser definida manualmente usando valores semelhantes aos encontrados na configuração saga, ou automaticamente, tendo a extensão mínima que abrange todas as camadas de entrada usadas para executar o algoritmo de cada vez. Se esta abordagem é o comportamento que você preferir, basta verificar o Use min covering region nos parâmetros de configuração GRASS.

O último parâmetro que tem que ser configurado está relacionada com o mapset. O mapset é necessário para executar o GRASS, e a estrutura de processamento cria um mapset temporário para cada execução. Você tem que informar ao sistema se os dados que você está trabalhando são geográficos (latitude/longitude) ou coordenadas projetadas.

GDAL¶

Não é necessário configurações adicionais para correr os algoritmos GDAL, uma vez que já está incorporado no QGIS e os algoritmos podem inferir na sua configuração a partir dele.

Orfeo Toolbox¶

Algoritmos do Orfeo Toolbox (OTB) pode ser executado a partir de QGIS se este sistema estiver instalado em seu sistema e configurou QGIS corretamente, para que ele possa encontrar todos os arquivos necessários (ferramentas de linha de comando e bibliotecas).

Se estiver utilizado o Linux, os binários SAGA não estarão incluídos no QGIS, portanto precisa de transferir e instalar o software. Por favor verifique o sítio na internet do OTB para mais informação sendo necessário o SAGA 2.1.

Uma vez instalado o OTB, inicie o QGIS, abra a janela de configuração do processamento e configure o provedor de algoritmo OTB. No :guilabel: `Orfeo Toolbox (image analysis)`bloco, você vai encontrar todas as definições relacionadas com a OTB. Em primeiro lugar, garanta que os algoritmos estão habilitados.

Em seguida, configure o caminho para a pasta onde estão as ferramentas da linha de comandos OTB e as bibliotecas estão instaladas:

• normalmente OTB applications folder encaminha para /usr/lib/otb/applications e OTB command line tools folder é /usr/bin

• | Se você usar o instalador OSGeo4W, instale o pacote otb-bin e entre C:\OSGeo4W\apps\orfeotoolbox\applications como OTB applications folder e `C:\OSGeo4W\bin as OTB command line tools folder. Estes valores devem ser configurados por padrão, mas se você tiver uma instalação OTB diferente, configure-os para os valores correspondentes no seu sistema.

TauDEM¶

Para usar este provedor necessita de instalar as ferramentas da linha de comandos do TauDEM.